بعد از مرگ نا به هنگام سید فریدون خان، سید تیمورشاه کسی را به مرکز بخارا فرستاد و از آنجا خبر مرگ سید فریدون را به مقام سلطان محمد شاه آقاخان سوم گزارش داد. سلطان محمد شاه بعد از پیام تسلیت و دعا به روح آن مرحوم ، مسؤولیت رهبری اسماعیلیان افغانستان را به سید تیمور شاه خان فرمان داد. آغاز وظـیفه سید تیمورشاه در کولاب مصادف بود با انتقال سلطنت از امیر عبدالرحمن خان تا اینکه عریضه یی به دربار امیر حبیب الله فرزند امیرعبدالرحمن خان که آن زمان امیر افغانستان بود، فرستاد تا به او اجازه دهد که دوباره به وطن اصلی اش افغانستان بر گردد. امیرحبیب الله این خواهش را پذیرفت؛ سید تیمورشاه خان با اعضای خانواده ومریدان فراری اش از دریای آموگذشت؛ چند روز در ینگی قلعه (جنگی قلعه) رستاق و مدتی در بهارک تالقان ،چوغة خان آباد، شورآب و خواجه لقمان درتخار دوران مهاجرت را سپری کردند . تا اینکه بعد از یکسال از جانب امیر، فرمان رسید که سید تیمور خان باید در پایتخت افغانستان در کابل زنده گی را اختیار نماید. بنا به فرمان امیر، فامیل سید تیمورشاه خان را از راه غوری، نیک پی، غوربند و پروان به کابل آوردند و در محلی به نام "هندوگذر" اجازة اقامت دادند . با آگاهی از بازگشت سید تیمور خان به وطن، پیروان اسماعیلیه جوقه، جوقه با آوردن وجوهات و سهم امام، به رفت و آمد و دیدار با او پرداختند و مدت دوسال زنده گی بدین منوال سپری شد. تا اینکه به فرمان امیر، سید تیمور خان را با نزدیکانش به قندهار تبعید نمودند. این سفر تبعیدی از طریق کابل ، غزنی ، کلات به قندهار در مدت بیست و سه روز طی شد و در مدت دوسال دیگر سید تیمورخان با فامیل و هواداران خود در شهر قندهار در تبعید به سر بردند؛ درهمان مدت بازهم مریدان وپیروان اسماعیلیة افغانستان، خود را به قندهار میرسانیدند و وجوهات و سهم امام را به او می دادند؛ در آن زمان سلطان محمد شاه در هند برتانوی، علاوه از مقام رهبری اسماعیلیان نزاری، به حیث امام زمان و یکی از مؤسسان درحزب مسلم لیگ بود. به اشارة او، دولت کابل، فرمان تبعید را لغو و فامیل سید تیمور شاه را دوباره به کابل دعوت نمود. درین سفر بازگشت، معززان قندهار به نامهای صوفی محمد جان پسر نایب الحکومة قندهار، جنرال میرزا، سید قاسم خان شاعر و عده یی از سران قوم پشتونهای قندهار با اعزاز و اکرام از سید تیمور شاه پذیرایی کردند و آنها را از قندهار به جانب کابل خدا حافظ گفتند. سفر بازگشت سید تیمورشاه از قندهار به کلات ، مقر، غزنی الی کابل چهارده روز را در برگرفت؛ تا در برچی کابل رحل اقامت گزیدند؛ به انتظار اینکه، چه زمانی فرمان پادشاه دربارة اجازة اقامت شان صادر شود. بعد از مدتی، فرمانی به واسطه محمد حسین خان مستوفی"کوهدامنی" برای شان میرسد که باید به محلی به نام سید خیل در جبل السراج فعلی ولایت پروان در قلعة خود همین مستوفی محل، بودوباش اختیار نمایند. در مدت سه سال زنده گی درجبل السراج، تمام مصارف نقد و جنس از خزانة دولت به فامیل سیدتیمورشاه میرسید و اسماعیلیان پروان و دیـگران نیزسهم امام خود را به او می آوردند. بعد از سپری شدن سه سال، محمد حسین خان مستوفی سید تیمورخان را با برادرخوردش سید نادرشاه کیانی به دربار نصرالله خان جهت معرفی می آورد . سردار نصرالله خان باآنها رفتار دوستانه میکند و برای محمد حسین خان مستوفی، میگوید که برای سید تیمورشاه خان و اعضای فامیل شان معاش کافی مقرر شود؛ تا آنها با آرامش اقتصادی و رفاه، زندگی کنند. بعد ازآن به اشارة محمد حسین خان مستوفی، از جبل السراج به "استرغچ" پروان انتقال داده شده و همان معاش قبلی اش به او پرداخته می شود. بعد از نه ماه زندگی در "استرغچ"، حادثه یی بزرگ به وقوع می پیوندد که عبارت از قتل امیر حبیب الله خان در"کله گوش" لغمان هنگام شکاراست. بعد از آن حادثه، امیر امان الله خان برتخت سلطنت می نشیند و امیر افغانستان میشود. دوران ده سالة امارت امان الله خان از دوره های درخشان و آغازآزادیهای نسبی در افغانستان است.امان الله خان کارهای بزرگی را انجام داد که از آن جمله به دست آوردن استقلال افغانستان درسال 1919 میلادی از دولت هند برتانوی و شناسایی افغانستان به حیث یک مملکت آزاد درجهان آنروز بود و یکی هم لغو فرمانهای دوران امیر عبدالرحمن خان پدر کلان و امیر حبیب الله خان پدرش را درحصة تبعید شونده گان افغانستان که عملاً تحت اجراآت قرار داد. در اثر فرمان امیر امان الله درجملة بسیاری از تبعید شده گان سیاسی، سید تیمور شاه خا ن هم که در آنوقت در "ده مراد خان" چهاردهی کابل زند گی داشت، خود را توسط میرزا محمود نام، وزیر مالیة وقت به حضور امان الله خان رسانید و از او به خاطر استرداد ملک و زمین و دارایی خود طلب بخشش کرد. امیر امان الله خان که یکی از شخصیت های ملی و سیاسی عصر خود بود، با سید تیمورشاه خان با حسن سلوک رفتار میکند و میگوید که برادر خورد شما سید نادرشاه کیانی باید در کابل باشد و شما با اهل و عیال خود به درّة کیان که ملک و جای اجدادی شما است بروید. بعد از آن او از طریق کو تل "اونی" حصه دوم بهسود جانب سیاه سنگ رفته و پس از عبور از کوتل حاجیگگ از طریق درّة شکاری بامیان در مدت یکهفته به درّه کیان می رسد و به امور عادی زنده گی مصروف می گردد؛ تا اینکه در اثر مرض مزمن که از سالها دامنگیرش بود، در درّة کیان وفات می کند. باظهور امان الله خان در صحنة سیاسی افغانستان، هنوز هم از خوانین و سران قبایل گروگان ها در پایتخت وجود داشت؛ زیرا با وصف لغو امر تبعید سیاسی، بازهم عدم اطمینان کلی از نفوذ سران قبایل و رهبران مذ هبی و سیاسی که با عث درد سر شود وجود داشت. بناءً از هر فامیل بانفوذ، یک و یا چند نفر از نزدیکان آنها به حیث مهمان با معاش درمرکزکابل نگهداری می شدند که یکی هم "سید نادرشاه کیانی" برادر سید تیمور شاه رهبر اسماعیلیان افغانستان بود. زمانیکه سید فریدون شاه در سال 1287 هجری شمسی وفات کرد وبه جایش سید تیمور شاه از جانب سلطان محمد شاه به حیث رهبراسماعیلیان درافغانستان مقررشد، سید نادرشاه کیانی یازده ساله بود؛ او در تمام دوران تبعید و مهاجرت در کولاب و کابل و قندهار و پروان با برادرش سید تیمور خان یکجا زنده گی میکرد. او عملاً مزة تلخ یتیمی راچشیده و رنج آواره گی و تبعید سیاسی را دیده بود. زمانیکه سید تیمور خان به امر دولت امان الله خان به درّه کیان رفت، سید نادرشاه که به سن بلوغ رسیده بود، در کابل طور گروگان زنده گی می کرد. او دوسال دور از فامیل در کابل زنده گی کرد. تصادف نیک کارش را میکند؛ سید نادرشاه با دختر"نوروز خان شغنانی" نامزد میشود و با او ازدواج میکند. نوروز خان از جمله مشاهیر سیاسی آنزمان بوده و یکی از دختران او در قید نکاح امیر حبیب الله خان نیز بوده است؛ با نسبت خویشی با سید نادرشاه کیانی، خانم امیر حبیب الله خان کمک میکند که او حقوق گروگان بودن را از جانب امیر امان الله ماهانه سه هزار کابلی تنخواه اعزازی خود به دست آرد. بعد از دو سال ، معاش اعزازی خوانین با تقرر شخصی به نام "میرهاشم" به حیث وزیر مالیه دورة امان الله خان قطع میگردد. سید نادر شاه کیانی باقطع معاش اعزازی ، از مقامات دولت امیر امان الله تقاضای رفتن به درّه کیان را نموده، بعد از دریافت اجازه ، به سواری اسپ از کابل عازم دّره "کیان" میشود. سفر او از کابل به چاریکار ، چهارده غوربند، زیر کوتل شیبر، درغان، جوزار، غندک، دوآب، تاله و برفک است. هنگامیکه اوبه کوتل خاکی میرسد، مردم شیخعلی با "بازمحمد خان وکیل" ،" میرزاعلی منکباشی" ،" فیض محمد بیک میرهزاره" با سواران بزکش نیک پی جهت خوشی مسابقه بزکشی میکنند و به افتخار او فیر های شادیانة هوایی را به راه می اندازند؛ زمانیکه او به شتر جنگل میرسد، با ذبح کردن گاوی از جانب "میرهزاره" در قدم او، شب مهمان فیض محمد بیک میشود. به استقبال او با شنده گان درّة کیان با پسران سید تیمورشاه خان و داود خان همشیره زاده اش همراه با غلام حسین بیگ نمایندة مردم نیک پی می آیند و فردای آنروز عازم درة کیان میشوند. مریدان او در مسیر راه تاله و برفک ودرّة کیان چندین گاو را ذبح میکنند؛ تا اینکه به درةکیان میرسند. آنزمانی است که سید تیمورشاه در اثر مریضی که عاید حالش بوده فوت کرده است. بافوت سید تیمور شاه وظیفة رهبری مـذهبی به امر امام زمان از هندوستان به نام سید نادرشاه میرسد و عملاً او به حیث رهبر مذهبی اسماعیلیان افغانستان آغاز به کار میکند و ازسال 1304 خورشیدی به بعد در نظم و رفاه و سازماند هی اسماعیلیان، دست به کار میشود. دوران رهبری مذهبی او مصادف به عصر امیر امان الله خان، امیر حبیب الله کلکانی و پاد شاهی نادرخان و دوران سلطنت چهل سالة محمد ظاهر شاه است. او با سیستم های خود کامه و حکام نا شایـسته یی درحمایه و رفاهیت پیروان خود و با سهم گیری در امنیت و استقلال همیشه از وحدت ملی و صلح و آسایش هموطنان خود جانبداری میکرده است. او شخصی عارف و دور اندیش بودو در اثرکوشش ها و خواست او یگانگی میان هواداران اسماعیلیه و دیگرمذاهب و ملیت ها بالا گرفته و به تدریج پایگاه جامعة اسماعیلیان افغانستان بیش از گذشته ها مستحکم گردید. او با درایت و هوشمندی توانست که جایگاه بلندی درکنار دولت و حکمروایان محلی به دست آرد؛ به گونه یی که اسماعیلیان اندک اندک توانستند در کنار دیگر مذاهب، مراسم مذهبی خود را آشکا را به جای آورند. رهبری سید نادرشاه کیانی باعث شد که جامعة اسماعیلیان افغانستان جایگاه شایسته یی در کنار سایر مذاهب به دست آرند و از انزوا و گوشه گیری و تقیه های غیر ضروری رهایی یابند. او در مقابل خرافات مذهبی ازنگاه عقاید ناب اسلامی به پاخاست و از اجداد پرستی و شمع سوزی ها و بوسه و زیارت سنگ و چوب و قبرهای مشکوک، پیروان را بر حذر داشت؛ اومرد صاحب قریحه در شعر و هنر نویسنده گی بود. او در طی 73 سال عمر گرانبهای خود در حدود 57 جلد کتاب نظم و نثر در تاریخ، عرفان، احادیث نبوی و تفسیرقرآن به نامهای تاریخ سلطانی، تاریخ غریب، رازورموز، گلشن رازثالث، صدویک حدیث و تفسیر منظوم و غیره را تألیف کرد که عده یی از آثار او به چاپ نیز رسیده اند. سید نادرشاه کیانی، شخصی علم دوست بود. به صحبت دانشمندان ارج واحترام میگذاشت و همیشه برای شاعران و دانشمندان بخشش وهدایا میداد. اوعلاقة عجیب به صحبت و مناظره با دانشمندان داشت. قاری عبدالله ملک الشعرا، سید ابراهم عالمشاهی ، صلاح الدین سلجوقی ، صوفی عبدالحق بیتاب، استاد خلیل الله خلیلی، محمد ابراهیم صفا، شایق جمال و خال محمد خسته و ده ها دانشمند و شاعر دیگر همیشه درنشست و گفتگوهای هنری و عرفانی با او بوده اند و عده یی از این دانشمندان در تألیفات سید نادرشاه کیانی تقریظ و اظهار نظر ها نیز نوشته اند. باهمه اوصاف و مقام علمی و فرهنگی، او در چشم حاسدان چون خار مغیلان بوده و تبه کاران محلی و حکمروایان از مقام و نفوذ مذ هبی و مردمی او مـی هراسیدند.